デジモンの成長や進化、個体数の増加により近い将来デジタルワールドは
ストレージ許容量を超えようとしていた…。

限界を超えればデジタルワールドは崩壊する、その事態を避けるため「イグドラシル」は、別パーテーションに創造した「ニューデジタルワールド」に選ばれたデジモンのみを転送した。

旧デジタルワールドに残されたデジモンたちは「ロイヤルナイツ」や「Xプログラム」によって消去された…はずだった。

デジモンを削除するXプログラムに感染したデジモンが「生きたい」という本能から生み出される抗体。X抗体を持つデジモンはX-進化を遂げ、Xプログラムへの耐性を得る。また、X抗体を持たないデジモンも、他のX-進化したデジモンのデータを取り込むことでX-進化することが出来る。

X抗体はX抗体を摂取し続けなければ消滅してしまうため、デジモン同士のX抗体の奪い合いという過酷な生存競争が生まれた。

しかし、元からX抗体をもっているデジモン（アルファモンやトブキャットモン、メタルピラニモンなど）は、体内からX抗体が消滅することはない。

X抗体を持つデジモンが寿命で死にダークエリアに送られる時、複製されたX抗体のデータが残滓としてその場で発見されることがあった。しかし、発見された複製データはどれもすぐに消滅してしまった。

その後、デジモンとともに長い年月をかけてX抗体はデジコアに刻まれた強い生存本能に影響されたことで、X抗体が持つ自己保存の機能が培われた。

その結果、X抗体は複製しても消滅せず、新たにX抗体を摂取せずとも問題が無いように変質したのだった。

複製したX抗体は血清のように他のデジモンに与えることでX-進化を促し、Xプログラム感染の予防・回復をすることが出来るようになっている。

また、元からX抗体を持つデジモンの死後、そのデータを吸収することでも、消滅しないX抗体を得られることが分かっている。

プロジェクトアーク発動後、旧デジタルワールドはXプログラムによって汚染されたために死の世界と化し、厳重に封鎖されていた。

しかし十数年の時を経て、Xプログラムの濃度はデジモンの身体にただちに影響を与えないレベルにまで薄まり、イグドラシルは旧デジタルワールドの現状調査をロイヤルナイツに命じた。

そしてクレニアムモンとスレイプモンはイグドラシルからX抗体を与えられ、万全の状態で旧デジタルワールドへと向かうのだった。

クレニアムモンXとスレイプモンXが旧デジタルワールドの調査から帰還した。彼らは、自分たちが見てきた旧デジタルワールドの現状をロイヤルナイツの面々の前でイグドラシルに報告。それは、管理者を失った旧デジタルワールドは無秩序状態となり、旧デジタルワールドの覇権を欲するデジモン達が各地で紛争を起こし、戦闘の絶えない混乱状態に陥っているというものだった。

乱世渦巻く旧デジタルワールドの秩序を取り戻すためには、自分達の力だけではどうにもならないと悟ったクレニアムモンXとスレイプモンXは、もう一人ロイヤルナイツを新たに調査隊に加えることを提案した。

一連の話を聞き、クレニアムモンXらの提案も受けて、指名されたジエスモンも快諾し、クレニアムモンXとスレイプモンXの旧デジタルワールド再突入任務に、X抗体を託されたジエスモンが加わることとなった。クレニアムモンXらと共に旧デジタルワールドへと突入したジエスモンX。そこにはクレニアムモン達が話していたとおり、そこかしこで紛争が巻き起こる凄惨な光景が広がっていた。惨状を見かねたジエスモンは、この混乱を収めるための妙案を思いつく。

旧デジタルワールドの混乱を収めるための妙案、それは旧デジタルワールドにおけるこの覇権争いにルールを設けること。
そのルールとは、各エリアを統治しているデジモンに1対1で勝利すれば、自陣のエリアを広げられるというもの。勝ち進みエリアを拡大していき、そして最後のエリアを勝利したデジモンには、この旧デジタルワールドの未来を決める権利を与えるというものだった。
この案に、最初は「危険なアイディアだ」とスレイプモンXは切り捨てたが、「悪しき者が勝ち残らないように、自分たちも旧デジタルワールドの一部エリアを統治して参加しよう」と更にジエスモンが提案すると、武人気質のクレニアムモンXは大いに賛同。
こうして、ジエスモンXの提案したルールを旧デジタルワールド中に告示することとなった。

全デジモンを死のX-進化「Death-X-evolution（デクスリューション）」させようと企んだグランドラクモンは、旧デジタルワールドに現れ、倒したデジモンを「Death-X-evolution」させダークエリアに送っていた。

バトルロイヤルを利用することで強いデジモンを配下にせんと進撃するも、最後に勝ち残ったデジモン^※により、死なない体を持つグランドラクモンへの対抗としてダークエリアに封印されるのであった。

しかしダークエリアを生み出したグランドラクモンが旧デジタルワールドに現れ動きまわったことが、旧デジタルワールドとダークエリアの境界線に影響を与えた。
これを察知し絶好の機会とみた一部の七大魔王はそれぞれの目的のために動き出すのであった。

※ブラック＆ホワイトでキミが育てたデジモンのこと。

デジタルワールドには、寿命を迎えたデジモンや戦いに敗れ消滅したデジモンが送られる「ダークエリア」と呼ばれる冥界のエリアが存在する。
ファイル島やフォルダ大陸があるデジタルワールドの表面上のエリアとは異なり、ダークエリアは別のレイヤーに存在する。そのためプロジェクトアーク発動によって散布された「Xプログラム」はダークエリアまで行き届かず、大した影響も出なかった。

ダークエリアの中では、その地を守護・監督するデジモン“アヌビモン”が、転送されたデジモンの善悪を判断する。そして悪しきデジモンのデータはダークエリアに封じ込め、善きデジモンのデータだけがデジタマへと還元される。
しかし、ダークエリアに封じ込められた悪しきデジモンの中には、ダークエリアを拠点にし、アヌビモンも手が出せないほど強大な力を持つデジモンが存在する。中でも七大魔王と呼ばれるデジモン達は、ダークエリアの最下層（コキュートス）を根城にしている。

ジエスモンの宣言で始まった、未来を決めるバトルロイヤルに決着がついた頃、旧デジタルワールドは静けさを取り戻した。 しかし、その平穏な時間は長くは続かなかった。バトルロイヤルを勝ち抜いたデジモンが、勝利宣言をしようとした瞬間、遠方で大爆発が起き、旧デジタルワールド中に衝撃波が駆け抜けた。

異変を感じ取り爆発の中心地へ向かったジエスモンが見たものは、 ダークエリアに封印されていた悪しきデジモン達が凄惨なバトルを繰り広げている光景だった。

時を同じくして、ニューデジタルワールドで待機していたエグザモンがダークエリアで不穏な動きを検知した。アヌビモンから救援要請を受けたエグザモンは、独断専行でダークエリアへと緊急出動する。到着したダークエリアの入口では、封印されていた大量の悪しきデジモン達が門を突破しようとしていた。
エグザモンは旧デジタルワールドとダークエリアの均衡を保つべく、冥界から抜け出てきた悪しきデジモン達の排除を開始した。

ロイヤルナイツを倒すチャンスだと勢いづいた悪しきデジモン達だったが、エグザモンは数的不利を物ともせず、ロイヤルナイツとして強さの格の違いを見せつけるように次々と敵をなぎ倒していった。
その圧倒的な強さを前に勢いを失った悪しきデジモン達だったが、突如として一斉に死をも恐れぬ特攻を開始。あまりの勢いにエグザモンは押され始めてしまう。何千何万といる悪しきデジモンの群れを操る黒幕は、

この混乱の中でX-進化を果たしたリリスモンXだった。

楽しそうに笑みを浮かべたリリスモンXは自らも攻撃に加わることでエグザモンを圧倒し、ついには悪しきデジモン達のダークエリア突破を許してしまう。
この件は瞬く間にダークエリア中に広がっていく。新たなX-進化を遂げた七大魔王がロイヤルナイツの一角を圧倒したことで、他の悪しきデジモンたちの勢いは増していくばかりだった。

リリスモンXが誕生した裏側では、ダークナイトモンと七大魔王のバルバモンが小競り合いを繰り広げていた。その残虐性ゆえにダークエリアに封印されていたダークナイトモンは、以前から七大魔王の座と財宝を狙い、バルバモンに戦いを仕掛けてきていたのだ。
そして旧デジタルワールドとニューデジタルワールドが繋がろうとしていることに気が付いたバルバモンとダークナイトモンは、ニューデジタルワールドに眠る財宝を我先に奪い取ろうとダークエリアの門を争うように突破したのだった。
そして、因縁の2体は、互いに入手していたX抗体によってX-進化を遂げる。
2体のX抗体デジモンを止められるデジモンはどこにもおらず、周囲のデジモンは激闘の余波に怯えながらもロイヤルナイツの到着を待つことしかできなかった。

悪しきデジモンの勢いが増え続けるなかで、新たに一体の七大魔王も動き出した。
その名はデーモン。入手していたX抗体によりX-進化を果たしたデーモンは、かつて自身が復活を目論んでいた「超究極体デジモン」と同等の力を得ていた。そしてデーモンXはダークエリアと旧デジタルワールドの混乱に乗じ、自らの力を試すために、暴虐の限りを尽くし始めた。しかしそれは、己の究極の目的である善の存在への復讐のための準備期間に過ぎなかった。
善の存在の中でも最強たるロイヤルナイツを迎え撃つその時を待ち焦がれながら、デーモンXは旧デジタルワールドの蹂躙を続け、力を蓄えていくのであった。

次々に七大魔王がX-進化を果たしたことで、ダークエリアの中でくすぶっていた悪しきデジモン達が、ダークエリアを突破しようと一斉に動き出していた。そしてその光景を、不敵な笑みを浮かべたルーチェモン：フォールダウンモードが見下ろしている。
このダークエリアの混乱は、ルーチェモンにとっては愉悦をもたらす宴でしかなかった。そしてルーチェモンはこの混乱に乗じて、悲願である全デジタルワールドの破壊を達成できるのではないかと考えた。
そのためにはこの混乱を拡大させることと七大魔王全員のX-進化が必要だと感じたルーチェモンは、自らもX-進化を果たし、次なる策を講じる。それは、ベルゼブモンXをこの戦況に加えること、そして今も眠る七大魔王ベルフェモンとリヴァイアモンの覚醒だった。

ダークエリア入口で侵攻を留めていたエグザモンがリリスモンXに無力化されたことで、旧デジタルワールドへと侵攻する勢いを増すばかりだった。
遅れて爆発の中心地に向かっていたクレニアムモンXとスレイプモンXの前にダークエリアの門が出現し、ルーチェモンXの手によって覚醒・X-進化したリヴァイアモンXとベルフェモンXが飛び出してきた。そこにロイヤルナイツを見つけ乱入してきたデーモンXも加わり、七大魔王達は圧倒的な力を見せつける。
苦戦を強いられたクレニアムモンX達は、次々と悪しきデジモン達の突破を許してしまうのであった。

ダークエリア最下層で1体佇む七大魔王の姿・・・。そこにルーチェモンXが使い魔を放ち「存分に暴れられる場を用意した。共に闘おうではないか」と提案する。いけすかないルーチェモンXの誘いではあったが、ちょうど退屈を感じていたそのデジモンは、あえてその提案に乗ることを決めた。
こうして、七大魔王最後の1体ベルゼブモンXがダークエリア最下層から旧デジタルワールドの戦場へ向かうのだった。

ダークエリアから飛び出してくる無数の悪しきデジモン達を食い止めようと、必死に抵抗するジエスモンX。膨大な数の悪しきデジモンが空を覆い、辺りは暗闇に包まれようとしていた。
さらに、更なる絶望を叩きつけんとジエスモンXの前にベルゼブモンXとルーチェモンXが現れる。
七大魔王2体を相手にする構図となったジエスモンXは劣勢に立たされてしまう。
その時、ジエスモンXの師匠であるガンクゥモンが助太刀にやって来た。
ルーチェモンXとガンクゥモン、ベルゼブモンXとジエスモンXの戦いが切って落とされた。

ルーチェモンXの策略通りに事が運び、ついにすべての七大魔王が並び立った。
X-進化した七大魔王達に触発されるように、ダークエリアを突破した悪しきデジモン達の士気も最大級に上がっている。その勢いは旧デジタルワールドどころかニューデジタルワールドをも脅かし、デジタルワールド全体の危機が訪れようとしていた。

ここまで策通りに事を進めていたルーチェモンXだったが、突如参戦してきたガンクゥモンに侵攻を阻まれてしまう。苛立ったルーチェモンXは、ガンクゥモンを排除するべく、ダークエリアからオファニモン：フォールダウンモードXとケルビモンX(悪)を呼び寄せ、ガンクゥモンへ攻撃をしかけさせた。

新手2体からの攻撃に、必死に抵抗するガンクゥモン。ガンクゥモンの足止めを2体に任せたルーチェモンXは、その隙にジエスモンXへと狙いを定めた。
「新米ロイヤルナイツごときに随分と手間がかかっているようだな、ベルゼブモン。ほら、私が手を貸してやろう」
ベルゼブモンXとの戦いで均衡状態だったジエスモンXに向けてルーチェモンXは攻撃を開始する。
「ぐああ！」
2体の七大魔王の攻撃に圧倒されジエスモンXは態勢を崩す。そこにベルゼブモンXは『セブンス・フルクラスター』を、ルーチェモンXは『セブンス・ディバイン・クルス』をジエスモンXに放った。
万事休す。
七大魔王2体の必殺技が直撃し起きる大爆発。しかし不思議とジエスモンXにダメージは無く、彼が不思議そうに前を見上げると…。
「し…師匠！？」
目の前に立っていたのは、ケルビモンX（悪）ら2体を振り切り、間一髪のところで身を挺してかばったガンクゥモンだった。

一方その少し前、イグドラシルはロイヤルナイツ全員での出撃で事態の鎮静化を命じる。
しかしオメガモンX、デュークモンX、アルファモンの行方を知るものはいなかった。残されたロイヤルナイツであるマグナモンX、デュナスモンX、アルフォースブイドラモンX、ドゥフトモンXが緊急出動する。

七大魔王2体の大技が直撃したダメージは深く、ガンクゥモンはその場に力なく倒れてしまった。
「師匠！　師匠！！」
ジエスモンXの呼び掛けにも返事がない。

これを好機と見たルーチェモンXは、すかさず追い打ちをかけるべくオファニモン：フォールダウンモードXとケルビモンX(悪)をけしかけた。
「くっ！　こんな状況で！」
師匠を一刻も早く助けたいジエスモンXだったが、相手は七大魔王2体に加え更に究極体が2体。この危機的状況を脱する糸口が見出せないジエスモンXに、オファニモン：フォールダウンモードX達の攻撃が繰り出されようとしたその時だった。
「——ここまでよくやったぞ、ジエスモン。ここからは私達に任せろ」
敵の攻撃を遮る3つの影——マグナモンXとドゥフトモンX、そしてデュナスモンXが現れた。

「仲間を傷つけた報いはその身で償ってもらう。行くぞ！」

ルーチェモンXとベルゼブモンXの前に3体のロイヤルナイツが現れたのと時を同じくして、別の場所にも次々とロイヤルナイツが到着した。
戦いの激しさを加速させ、周囲へ甚大な被害をもたらしていたダークナイトモンXとバルバモンX。その間に、ロードナイトモンXが割って入るように現れた。

「強欲なる者どもよ、騎士王の前なるぞ。双方、矛を収めねば、このローゼスフェンサーの錆にしてくれよう」
悪と悪の激闘は、ロードナイトモンXの登場で三つ巴の戦いに発展しようとしていた。

更に別の場所では——。
「このままではジリ貧だな、せめてもう一人いれば」
「泣き言はいらんぞスレイプモン、我々だけで食い止めるんだ！」
ベルフェモンX、リヴァイアモンX、デーモンXという巨大な3体の七大魔王の前に、クレニアムモンXとスレイプモンXは苦戦を強いられていた。
そこにアルフォースブイドラモンXが駆けつけ、デーモンXの前に立ち塞がった。

「遅くなってすまない！　デーモンの相手はボクに任せてくれ。さぁ、ここからは3対3だ！」
こうして各地に散ったロイヤルナイツが、それぞれの戦いに身を投じていく。

火蓋が切られたロイヤルナイツと七大魔王との衝突。ニューデジタルワールドに残っていたロイヤルナイツがすべて参戦した甲斐もあって、七大魔王の侵攻を遅らせることが出来た。
しかし、大量の悪しきデジモン達のダークエリア突破を止めるまでには至れず、少しずつ旧デジタルワールドに悪の勢力が拡大していった。

七大魔王2体の必殺技がガンクゥモンに与えたダメージは想像以上に深く、倒れたままのガンクゥモンの命の灯火は今にも消えそうだった。
そして、ロイヤルナイツを倒し名声を上げられるとみた悪しきデジモン達がガンクゥモンの危機を嗅ぎ付け、トドメを刺さんと次々と襲ってきていた。
ジエスモンXはガンクゥモンを守りながら、大量に襲い来るデジモン達を必死に抵抗している。
デュナスモンXたちもそれぞれの戦いで助けに入れず、ついにはジエスモンXが倒し損ねた軍勢が無防備なガンクゥモンに襲い掛かってしまう。
「ジーク…セイバーッッ！！」
その時だ。天高くから聞こえた声とともに、ガンクゥモンに襲いかかるデジモンを薙ぎ払った。

そこに現れた救世主は、デュークモンX。

怯んだ敵の大軍に突破口を見出したジエスモンXもデュークモンXに続き、二人で悪しきデジモン達を一掃する。
「助かった、デュークモン！　でも、アナタは行方不明だったはず、いままでどこに行ってたんだ？」
「X抗体の未来を拓いた彼らと共に行動をしていてな、そんな話よりも、まずはガンクゥモンを助けるのが先決だ」

デュークモンXが傷付いたガンクゥモンに手をかざす。
「X抗体をガンクゥモンに与え、X-進化とともに回復を促す。この場で彼を救うにはそれしかない」ジエスモンXはデュークモンXの言葉に頷くと、ガンクゥモンにX抗体を注入した。ガンクゥモンの身体が激しい光に包まれる。そして光が収まった頃、X-進化を果たしガンクゥモンXとなり、傷が回復していった。

「潮時か……」
デュークモンXの参入、ガンクゥモンのX-進化を見たルーチェモンXは、不敵な笑みを浮かべながら姿を消した。
デュークモンXが叫ぶ。
「彼らに導かれて、まもなくオメガシャウトモンやライズグレイモンたちの援軍も着く頃だ。ドゥフトモンよ、彼らを率いて他の戦局に向かってほしい」
ドゥフトモンXは力強く頷くとマグナモンXとデュナスモンXにこの場を任せ、ロードナイトモンXの元へと急行したのだった。

リリスモンXに操られた大量のXデジモン達に襲われたエグザモンは、通常ではあり得ない速度でXプログラムに感染してしまっていた
強靱な肉体を持つエグザモンといえど、Xプログラムが全身を冒す痛みには抗えず、満身創痍になってしまう。

「いい加減に飽きたわね、とどめを刺してあげるわ！」
リリスモンXが必殺技『ナザルネイル』で、ボロボロのエグザモンに迫る。しかし、どこからともなく放たれた炎でリリスモンXは不意打ちを受けて止まった。
「ロイヤルナイツは彼らの希望の光…彼らの願いのためにも消させはしない！」
現れたのはホウオウモンX。金色の翼をはばたかせ、エグザモンを守るようにリリスモンXに立ち向かう。
不意打ちではリリスモンXを止められたホウオウモンXだったが、七大魔王との正面対決は分が悪く、幾度となく攻撃を受けてしまう。

「ロイヤルナイツとして…情けない！」
エグザモンは、何度攻撃を受けても諦めず立ち向かうホウオウモンXの勇姿に自身を奮い立たせた。
「うおおおおおおおおッ！」
そしてエグザモンは自身でX抗体を生み出し、X-進化を遂げるのだった。

「其方の勇気ある行動に感謝する！」
「“彼ら”に刺激されて動かないわけにはいかないのでね」
「先ほどからいう彼らとは？　まぁ何だかわからんが、とにかく反撃開始だ！　共に行くぞ、ホウオウモン！」

エグザモンXの声に同調するように、ホウオウモンXが隣に並ぶ。そして二体はタッグを組み、共にリリスモンXや悪しきデジモン軍団へと立ち向かうのだった。

各地でロイヤルナイツが悪の軍勢と激闘を繰り広げていたその頃。
ダークエリアを抜け出した大量のデジモン達が、旧デジタルワールドを舞台に破壊活動を行っていた。まだ幼いデジモンや、戦いに自信が無いデジモンはそれぞれ徒党を組み、安全な場所へと避難し、騒ぎが収まるまでじっと隠れて耐えていた。
「大丈夫、ここならきっと安全だから」
そんな風に震える彼らを安心させるように、テイルモンXは避難組のデジモン達に言葉をかける。しかし…
「そこに隠れているのでしょう？」
悪しきデジモンの1体、ヴァンデモンXが防壁を突き破って現れた。

ヴァンデモンＸから感じる凶悪な力に、テイルモンＸは怯えながらも攻撃を試みるが、簡単に弾き返されてしまう。このままでは全滅してしまうと感じたその時、突如としてヴァンデモンXの背に爆発が起きる。
ヴァンデモンXは振り返り、避難していたデジモン達やテイルモンXも見つめた先に一体のデジモンがいた。
「私はウィザーモン。同胞の住む世界を守るため、ウィッチェルニーより馳せ参じた！　皆を守りたければ覚悟を決めて戦うんだ！」
ウィザーモンXは名乗りを上げると、勇猛果敢にヴァンデモンXへと攻撃をしかけた。

その姿に惹きつけられたテイルモンXは自らがデジモン達を守り切ると決心し、エンジェウーモンXへと進化する。そしてウィザーモンXに並び立ち、ヴァンデモンXへと立ち向かうのだった。

デジモンが避難しているさらに別の場所では、メフィスモンXが暴虐の限りを尽くしていた。無力なデジモンの殺戮を繰り返すメフィスモンXの前に、2体のデジモンが風と共に現れた。
「折角楽しい時間を過ごしていたというのに。あなた達、私に何か御用がありまして？」
メフィスモンXが首を傾げると、１体のデジモンはキメ台詞で啖呵を切った。
「弱きを救い、巨悪をぶちのめす！　正義のデジモンジャスティモン参上！！」
「あ、僕は普通のデジモン、シーサモンです。」

爆発とともにポーズを決めたジャスティモンXと、やれやれといったシーサモンXが、すぐさまメフィスモンXに戦いを挑んだ。
「まったく、ふざけた方達ですのね。一体どこから来ましたの？」
「無論、ニューデジタルワールドから！」
「ロイヤルナイツ以外のデジモンが、ニューデジタルワールドですって？」
「ああそうだ。勇気ある“旅人”の言葉に感銘を受けた俺達は、旧デジタルワールドの危機を共に救うためにやって来たのだ！」
「ロイヤルナイツに頼るだけではなく、僕達も自分の力でデジタルワールドを守っていかねばならないからね」

ジャスティモンXとシーサモンXは、見事な連携でメフィスモンXを圧倒する。
「そうだ。逃げてばかりじゃだめだ、僕達も立ち上がろう！」
そして、ジャスティモンX達の姿に勇気づけられた避難所のデジモンが次々と悪のデジモン軍団に反旗を翻すのだった。

オファニモン：フォールダウンモードXと、ケルビモンX（悪）。2体の究極体を相手に突破口を模索するデュナスモンXの前に、ニューデジタルワールドからの援軍を名乗る新たなデジモンが現れた。
「私達が微力ながら助太刀しますわ、聖騎士様」
現れたのは、オファニモンXとケルビモンX（善）だった。

「三大天使が2体も！　心強いことこの上ない！」
「聖騎士くんはあっちの七大魔王を。この2体は、僕らが引き受けるよ！」
そういうとオファニモンXとオファニモン：フォールダウンモードX、ケルビモンX（善）とケルビモンX（悪）、まるで合わせ鏡のように対立するデジモン達の激突が幕を開けた。
「かたじけない！」
2体のデジモンに礼を述べたデュナスモンXは、ベルゼブモンXと戦うマグナモンXに加勢する。
「さて、ベルゼブモン。いままで散々こちらに多勢に無勢を強いてきたんだ。今更2対1を卑怯とは言うまいな！」
「かははッ！　面白ェ、ちょうどこの金ピカ相手だけじゃ退屈してたところだ！　受けて立つぜッ！」
こうして、敵味方が入り乱れるバトルロイヤルは苛烈さを増していく。

ロイヤルナイツだけではなく、ニューデジタルワールドのデジモン達まで示し合わせたかのように各地に現れた。そして、全てのデジモンが持てる力を最大限に発揮し、デジタルワールドの平和を取り戻そうとしていた。
各地で繰り広げられる激しい戦い。
その裏でルーチェモンXは一人、ひっそりとダークエリアの奥底へと戻っていた。
静寂に包まれる空間には、ルーチェモンX以外にもう一体のデジモンが佇んでいる。虚空を見つめたまま微動だにしないのはケラモンXだ。
ルーチェモンXはケラモンXの前に立つと、にやりと邪悪な笑みを浮かべる。
「計画は最終段階に入った。フフ、フフフフフ」
暗躍するルーチェモンXの計画とは…？　混沌を極めるデジタルワールドは、ルーチェモンXの魔の手によって闇に包まれようとしていた。

旧デジタルワールドの各地に出現した、ダークエリアに通じる無数のゲートが突如として融合を始め、一つの巨大なゲートへと変貌した。
出入り口が巨大になったことで、今まで押しとどめていたダークエリアのデジモン達が、一斉に群れを成してゲートを突破してしまう。
膨大な数で攻め入る悪しきデジモン達は、まるで世界の終わりを告げているかのようだった。
デジタルワールドの平和のために戦っていたデジモン達は、悪夢のような光景に絶望する。

「——諦めるな！　オレ達がついてる！！」

どこからともなく響いた声につられるように、デジモン達が空を見上げる。
そこには、オメガモンX、アルファモンそして、背中に二人の少年を乗せたオウリュウモンが飛行していた。
彼らこそは、かつてX抗体の未来を切り拓いた人間、コータとユージだった。

そして飛んでくるのはオメガモンX達だけではない。
ダークエリアから飛びだしてきた悪しきデジモン達にも負けない数の、たくさんのデジモン達がこの窮地に駆けつけてくれたのだ。
「行くよ、アルファモン！　オメガモン！」「続くぞ！　オウリュウモン」

コータとユージの号令で、オメガモンX達は速度を上げ、先陣を切って敵の大軍に突撃した。圧倒的な力で多くのデジモンを倒す3体のデジモン達。
そして彼らの勇士に、絶望していた多くのデジモン達が再び立ち上がる。
光と闇の全面戦争の始まりだった。

——時は少し遡る。
永らく歴史から姿を消していたオメガモンX、アルファモン、オウリュウモン、そしてデュークモンXがニューデジタルワールドの大地に立っていた。傍にはコータとユージの姿もある。
彼らはかのデクスモンとの戦いの後、ひっそりとニューデジタルワールドの3つの世界（ウルドターミナル、ベルサンディターミナル、スクルドターミナル）や、カーネルといったデジタルワールドの中核とされる場所に至るまで、ありとあらゆる場所を巡る旅をしていた。
その旅の目的は、再びX抗体を持つデジモン達を差別しないように見守ることだった。その旅は一周で留まらず何周も何十周も繰り返されていった。その間に、彼らの意義を感じ、打ち解け合ったデジモンは数多く膨れ上がった。

そんな旅を続けていく最中、コータ達は旧デジタルワールドへの封鎖が解かれるという情報を聞く。そこで彼らは、より良い形で旧デジタルワールドが取り戻せるように動き始めた。
クレニアムモンとスレイプモンに続き、ロイヤルナイツの中でもコミュニケーション能力が高いジエスモンの同行が決まったときは、理想の形で旧デジタルワールドが返ってくると確信した。

このまま、旧デジタルワールドの封鎖解除に向けてすべては上手くいくかに思えた。
しかしそんな折、オメガモンX達はニューデジタルワールドにいながらにして、ダークエリアからの不穏な感覚を察知する。
漂う邪悪な気配に、これは七大魔王が絡んでくるのではとデュークモンXも推測した。このままでは旧デジタルワールドだけではなく、デジタルワールド全体に危機が訪れるかも知れない。コータ達は旅の中で知り合ったニューデジタルワールド中のデジモン達を急いで集めるのであった。

コータ達の呼びかけに多くのデジモン達が集まり、彼らを取り囲む。
「みんな、突然呼びだしてごめん」
そう切り出したコータは、旧デジタルワールドだけではない危機が迫っていることを伝える。
コータの話を聞くデジモン達の顔は、既にこのあとコータが続ける言葉を理解しているような笑みを浮かべていた。
「助けに行こう。ニューデジタルワールドも旧デジタルワールドも、これ以上命を失っちゃいけない！　皆で斬りひらくんだ！　俺たちの未来を！」

周囲を取り囲んでいたデジモン達が、一斉に雄叫びを上げる。その中にはジャスティモンXやシーサモンX、ホウオウモンXの姿もあった。
その様子をカーネルから見ていた三大天使もまた、コータ達の言葉に同調し、カーネルの守護をセラフィモンに託し、オファニモンXとケルビモンX(善)はコータ達に合流する。
そして彼らは大軍を成し、一斉に旧デジタルワールドへと向かうのだった。

「クソ、このワシがロイヤルナイツごときに遅れを取るとはな…。」
ロードナイトモンXとドゥフトモンXにより、バルバモンXは倒された。
その状況を見たダークナイトモンXは己の不利を悟り、静かに姿を消し撤退する。

「アルフォースブイドラモン、貴様、何度邪魔をすれば…ぐううっ」
「ボクがいる限りお前の好きにはさせないぞ、デーモン！」
一方アルフォースブイドラモンXは死闘の末にデーモンXを弱らせていた。
またマグナモンXはデュナスモンXと協力することでベルゼブモンXを退け、他のロイヤルナイツも次々と周りのデジモンと協力することでリリスモンX、ベルフェモンX、リヴァイアモンXの七大魔王を無力化することに成功していった。

しかし、七大魔王がそれぞれ無力化された瞬間、彼らの体はどこかへと転送されるように、ダークエリアのゲートへと吸い込まれてしまった。
七大魔王を相手取っていたロイヤルナイツ達は皆、何か良からぬ事が起きる予感に立ち尽くすしか無かった。

無力化された七大魔王の肉体が転送された先は、ルーチェモンXがいるダークエリアの最下層コキュートスだった。
「ハハハハハ！　時は来たッ！！」
ルーチェモンXの声に応えるように、ケラモンXがディアボロモンXへと進化を遂げる。そして7体にコピーされ分裂したディアボロモンXは、次々と七大魔王達の力を取り込んでいった。
「ディアボロモンXのデータを取るために、サンプルをあのバトルロイヤルに送り込んだのは正解だったな。七大魔王の巨大なデータにも見事に耐え吸収しているではないか！　これなら私の肉体も…フフ、フハハハハハハ！」
高笑いと共に、ルーチェモンXは自ら7体目のディアボロモンXに吸収されていく。

全ての七大魔王が完全に吸収され、7体に分裂したディアボロモンXは地上へと浮上を開始。一堂に集まったロイヤルナイツたちの前に姿を現したのであった。

7体のディアボロモンXはそれぞれから夥しい量のエネルギーが溢れ出ており、このまま放置しておけば必ず悪いことが起こるとロイヤルナイツの誰もが感じた。しかし七大魔王との戦いを繰り広げたスレイプモンXたちは疲弊し、まだ回復の途中であるガンクゥモンXも、見守るジエスモンXも動けない。

アルファモンはオウリュウモンとブラストエヴォリューションし、アルファモン王竜剣となって、オメガモンXとデュークモンXと共にロイヤルナイツ3体でディアボロモンXに攻撃を開始する。

それぞれの七大魔王の力が融合されたディアボロモンXに挑むが、動きに統一性がなく、予測不能なバトルスタイルにオメガモンXの「オメガインフォース」も通じず、苦戦を強いられてしまう。
そこへ完全回復したガンクゥモンXとジエスモンXが復帰する。
「迷惑をかけたな。その分ここから取り返させてもらおう！」
ガンクゥモンXの並々ならぬ力とジエスモンXとの連携で、複数のディアボロモンXを相手に戦線を一気に押し上げていく。
その状況をつまらなそうに、引いたところで戦況を見ていた1体のディアボロモンXが叫び、それに共鳴するように７体のディアボロモンXが再び一つに融合し、超巨大なデジモンへと変貌を遂げた。
そのデジモンの名は……、オグドモンX。
究極の闇が、旧デジタルワールドへと君臨したのだ。

超巨大なオグドモンXが現れると、世界は徐々に崩壊を始めた。大地は裂け、空を覆っていたテクスチャが剥がれ、世界全体がワイヤーフレームの暗闇に包まれていく。
オグドモンXは持っている力が大きすぎるがゆえに、そこに存在するだけで世界を破壊してしまう危険な存在だ。これがルーチェモンXの狙いであり、自らオグドモンXとなることで、デジタルワールドのすべてを破壊しようとしていたのだ。
このままでは旧デジタルワールドは完全に消滅し、ニューデジタルワールドにも崩壊が浸食してしまうだろう。
デジタルワールド全体の危機を乗り越えるために、すべてのデジモンがオグドモンXへの総攻撃を開始する。そこには悪しきデジモン達も自分たちの居場所が無くなってしまうという不安から総攻撃に参加し、これまでの敵も味方も関係なく、オグドモンXを討ち倒すべく一つになっていった。
しかし、個々のデジモンの力はオグドモンXを倒すにはどれも不十分だった。力を振り絞って立ち上がったロイヤルナイツによる決死の攻撃もオグドモンXには通用せず、オメガモンX、デュークモンX、アルファモン王竜剣も倒されていった。
「俺一人ではちと厳しいな…」
オグドモンXに攻撃を加えながら、ガンクゥモンXはひとり呟く。まだ余力はあるものの、自分の力では到底この状況を打破することはできないと悟っていたのだ。
ならば、と。ガンクゥモンXはジエスモンXのもとへ駆け寄る。
「我が弟子、ジエスモンよ！　いまから俺のロイヤルナイツとしての力、そしてX抗体の力を全部お前に預けるぞ！」
「し、師匠！？」
「元より俺が持つロイヤルナイツとしての称号はお前に継がせるつもりだった。今がその時だ、俺の分のX抗体の力ともども受け取り、奴を止めろ！　そして、これからのロイヤルナイツをお前が背負っていくんだ！」
その言葉に、ジエスモンXは言葉を返さずに深く頷いた。
そしてガンクゥモンXがジエスモンXに触れると、光となったデータが急速にジエスモンへと流れ込んでいく。
「うおおおおおおおおおおおおおおおおおッッ！！」
ガンクゥモンのパワーを受け継いだジエスモンXは、X-進化を超えた更なる進化を遂げる。
ジエスモンGX、ジエスモンが新たに覚醒した姿だ。
果たして、ジエスモンGXはオグドモンXを討ち倒し、デジタルワールドの平和を取り戻すことは出来るのだろうか！？

ジエスモンGＸの力は強大となり、一時はオグドモンＸの力を凌駕した。
しかしオグドモンＸの底知れぬ闇の力はジエスモンGＸを再び圧倒し始め、ジエスモンGXは防戦一方に変わって行った。
どうすれば…!!
ジエスモンGＸが苦闘に立たされていたその時、倒れていたロイヤルナイツ達が再び立ち上がる。

「私達の力を、ジエスモンに集めるんだ！」

ロイヤルナイツ全員が、ジエスモンGＸに向かって手をかざす。それぞれが残るパワーを振り絞り、ジエスモンGＸへパワーを送り集約されていく。

「みんなの力を、感じる。これなら、行ける！！」

行け、ジエスモン。
周囲の声に背中を押されるように、ロイヤルナイツの力を束ねたジエスモンGＸが『ナイツ・イントルーダー』を繰り出す。

「これで終わりだッ！」

そして、その攻撃は見事オグドモンＸを一刀両断。オグドモンXは活動を停止し消滅が始まった。
世界に平和が戻っていく瞬間だった。

消滅していくオグドモンＸから解放された七大魔王達は、残る力を使い切り再びコキュートスへと戻っていった。

―数日後―

イグドラシルは、バトルロイヤル勝者の願い「旧デジタルワールドとニューデジタルワールド、デジモンの自由な行き来」を聞き入れ、デジタルワールドのアップデートを行い、ニューデジタルワールドと旧デジタルワールドの間の垣根は取り払われ統合された。
今後も、ロイヤルナイツが新たなデジタルワールドを見守っていくことだろう。

プロジェクトアークの発端である『デジモンのデータ量の巨大化による、デジタルワールド崩壊の危機』その懸念は、

「デジタルワールドの容量が拡張できるように、オレ達が現実世界からがんばるよ」

と、コータとユージが約束した。

また彼らは去り際にもう一つ言葉を残した。

「イグドラシル、デジモン達への過剰な干渉には気を付けるんだよ。またデジタルワールドの危機が訪れたときは、オレ達も必ず駆けつけるけど、そうならないことを祈ってる」

イグドラシルへの注意をロイヤルナイツたちとともに促し、コータ達は改めてロイヤルナイツやオウリュウモンたちと別れを告げ、去っていった。
コータたちを見届けたアルファモンもまた、再び姿を消したという。

イグドラシルはコータとユージの働きにより、Ｘ抗体の有用性を改めて認識。Ｘ-進化は【デジモンが持つ秘めた進化の可能性】の一つとしてイグドラシルに認められたのだった。この決定は瞬く間にデジタルワールド中に拡がっていった。