あるとき、デジモンの成長や増加によりデジタルワールドのストレージ許容量がオーバーし、崩壊の危機が迫っていた。そこで、一部のデジモンを「ニューデジタルワールド」に移し、残ったデジモンたちは「Xプログラム」によって消去する計画「プロジェクトアーク」が始動した。 「Xプログラム」は、イグドラシルが生成したウィルスプログラム。デジモンが感染すると、一定の潜伏期間を経て、発症するとデジコアが強制的に機能停止する。